Народився 09.03.1983 в селі Червоне Сумського району Сумської області. Згодом разом з батьками переїхав в місто Куп’янськ, де і закінчив середню школу. Після закінчення школи з 1998 року працював на Куп’янському цукровому комбінаті, а з 2003 року працював у сфері ринку охоронних послуг на території України у фірмі «Явір». З початком повномасштабної війни він разом з матір’ю, цивільною дружиною та її сином переїхав (евакуювався) в місто Чугуїв і проживав в місті до жовтня 2023 року. Під час проживання в місті, з травня 2022 року по жовтень 2023 року, працював різноробочим на Чугуївський нафтобазі.
У жовтні 2023 року він виявив бажання служити в Збройних Силах України. Добровільно звернувшись в Чугуївський РТЦК та СП, був направлений до складу 54-ої окремої механізованої бригади імені гетьмана Івана Мазепи (в/ч А0693). Службу проходив на посаді номера обслуги мотопіхотного відділення мотопіхотного батальйону.
У Сергія Миколайовича залишилася мати Саєнко Любов Олександрівна, проживає за межами міста Чугуїв; цивільна дружина Михайлюк Надія Володимирівна, проживає в місті Харків, та син Саєнко Микола Сергійович 2006 року народження, проживає в місті Харків.
Обставини смерті:
У грудні 2023 року підрозділ, в якому Сергій Миколайович боронив Україну, виконував бойове завдання на Бахмутському напрямку. Під час бойової операції 16 грудня 2023 року поблизу населеного пункту Роздолівка Бахмутського району Донецької області він випадково помер. Причини смерті достеменно не встановлені.
28 грудня 2023 року поховали Сергія в місті Чугуїв на кладовищі №5.
